El gran hilo para mencionar a la gente

[Bill]

Error no, ojo, piensa que es imposible calcular el volumen real de una molécula. Si fuese posible, el tema densidad estaría hecho. Solamente se puede estimar.

Lo hago calculando las coordenadas 2D de los átomos de la molécula y a partir de ahí la estimación de volumen de Van der Waals.
Para representarla en 3D tengo que añadir hidrógenos (si faltasen) y luego calcular la representación en 3D, pero curiosamente el volumen 3D es inferior al volumen si lo calculo a partir del 2D. Creo que podría ser porque no tengo en cuenta el espacio entre submoléculas... pero tampoco entiendo del tema, así que lo dejo por defecto.

Para los cálculos tengo en cuenta las interacciones intermoleculares sí. El tema al final es que esta densidad es heurística, es decir, la estoy calculando con una fórmula. Es para darle más datos a la IA (que todavía no he decidido si será una LSTM o usar una graph neural network) para que afine resultados.

Por ahora estoy usando rdkit para mis cálculos, pero también es que he empezado hace nada.



Todo esto viene de esta competición:
https://www.kaggle.com/competitions/neurips-open-polymer-prediction-2025/overview

[Bill]

¿y Logan cuándo viene? 

[Bill]

Mira, en moléculas más sencillitas, mi fallo es bastante pequeño, seguro que con IA lo puedo reducir al cuarto decimal o por ahí.

[YoYo]

@Petri también era químico de esos. A ver si regresa

[Logan]

A ver, de polímeros sé bastante poco (y esas notaciones no las he usado nunca que yo recuerde, Hulio). Estás teniendo en cuenta las interacciones intermoleculares, ¿en qué sentido?

Me refiero, la notación que das es del monómero (obviously), con ese monómero se forma una cadena, y las distintas cadenas se pueden unir entre sí do distintas formas (puente de H, van der waals, covalente...), en este caso, con esos alcoholes y cetonas, vas a tener puentes de H seguro y fdvw también.

Además de eso, deberías añadir contexto sobre repulsiones dentro de la propia cadena, esto es lo que determina los ángulos (y la estructura 3D del monómero, que tiene impacto en la 3D del polímero).

Aunque no consideres la estructura 3D del polímero completo, no puedes considerar el monómero como plano (te garantizo que ese =O y -OH terminales no van a estar juntitos), y cuando te llevas eso al conjunto de cadenas, probablemente te está provocando esa diferencia calculada.

[Bill]

Si algún químico se apunta podríamos hacer equipo, él se encarga de la parte de entender qué es cada cosa y yo de la IA. El primer premio son 12.000$ y el quinto premio 5.000$ (por el medio hay más dineros).

[Bill]

A ver, de polímeros sé bastante poco (y esas notaciones no las he usado nunca que yo recuerde, Hulio). Estás teniendo en cuenta las interacciones intermoleculares, ¿en qué sentido?

Me refiero, la notación que das es del monómero (obviously), con ese monómero se forma una cadena, y las distintas cadenas se pueden unir entre sí do distintas formas (puente de H, van der waals, covalente...), en este caso, con esos alcoholes y cetonas, vas a tener puentes de H seguro y fdvw también.

Además de eso, deberías añadir contexto sobre repulsiones dentro de la propia cadena, esto es lo que determina los ángulos (y la estructura 3D del monómero, que tiene impacto en la 3D del polímero).

Aunque no consideres la estructura 3D del polímero completo, no puedes considerar el monómero como plano (te garantizo que ese =O y -OH terminales no van a estar juntitos), y cuando te llevas eso al conjunto de cadenas, probablemente te está provocando esa diferencia calculada.

No tengo ni idea hulio, yo he aprendido química hoy. Por eso busco un químico.

[Logan]

En esa molécula que has pasado, más que por pequeña es por menos interacciones y rotaciones de los enlaces simples casi seguro. Me cuadra con la explicación que he dicho.


El $ me interesa, la verdad (tengo electrodomésticos que comprar y muebles de cocina que encargar).

[Bill]

¿y eres capaz de calcular la densidad exacta de esa molécula pequeña?
¿Cómo lo harías?

[Logan]

A ver, de polímeros sé bastante poco (y esas notaciones no las he usado nunca que yo recuerde, Hulio). Estás teniendo en cuenta las interacciones intermoleculares, ¿en qué sentido?

Me refiero, la notación que das es del monómero (obviously), con ese monómero se forma una cadena, y las distintas cadenas se pueden unir entre sí do distintas formas (puente de H, van der waals, covalente...), en este caso, con esos alcoholes y cetonas, vas a tener puentes de H seguro y fdvw también.

Además de eso, deberías añadir contexto sobre repulsiones dentro de la propia cadena, esto es lo que determina los ángulos (y la estructura 3D del monómero, que tiene impacto en la 3D del polímero).

Aunque no consideres la estructura 3D del polímero completo, no puedes considerar el monómero como plano (te garantizo que ese =O y -OH terminales no van a estar juntitos), y cuando te llevas eso al conjunto de cadenas, probablemente te está provocando esa diferencia calculada.

No tengo ni idea hulio, yo he aprendido química hoy. Por eso busco un químico.

Hoy tengo la tarde liada, pero me puede interesar. Ahora, no sé si sé la suficiente química a estas alturas para eso